Desde inicios del siglo XIX, la Bahía de Samaná se convirtió en uno de los lugares de la geografía nacional más codiciado por su belleza, amplitud y posición estratégica, despertando el interés de las potencias de ese momento.
El 10 de febrero de 1822, apenas a dos meses de la independencia efímera, se produjo la invasión de Jean-Pierre Boyer, dando al traste con la emancipación del territorio. Samaná se convirtió en el polo de resistencia contra Boyer, pues los habitantes españoles y franceses de la zona se oponían a esta invasión, entre ellos Francisco Mueses, Cura de Samaná y Diego De Lira, comandante de Sabana de la Mar, quienes solicitaron el apoyo del comandante Antoine Drouot, capitán de la fragata francesa Duchesse de Berry, anclada en la bahía, al momento en que Boyer se disponía a entrar al este.
Ante esta situación, Drouot solicitó apoyo para una expedición francesa, organizada desde Martinica, con el objetivo de instalarse en la Bahía de Samaná y desde ahí articular acciones para consolidar un espacio territorial colonial en la isla. El 25 de febrero zarpó desde St. Pierre, Martinica, una expedición compuesta por un barco de línea, 3 fragatas, 3 gabarras, 4 bergantines y 4 goletas, llevando a bordo dos mil hombres y 50 piezas de artillería de campo.
El gobernador de Martinica avisó a José Navarro, gobernador de Puerto Rico, sobre los planes del presidente de Haití de apoderarse de la parte española de Santo Domingo, prevaliéndose de la insurrección de José Núñez de Cáceres, y que incluso ya habían enarbolado el pabellón haitiano en Monte Cristi y Santiago.
Muchos franceses y españoles, replegados en Samaná y Sabana de la Mar, esperaban la ayuda gala, ante la inminencia de la llegada de los haitianos. La expedición de Jacob llegó a la isla paseándose por la costa de la Bahía de Samaná. En la península se había enarbolado el pabellón español, pero Jacob deseaba que ondeara el pabellón francés, por lo que envió una avanzada a conversar con los pro españoles.
Pero a su vez, el gobernador de Puerto Rico, decidió enviar también a Juan Nepomuceno Cárdenas a bordo del buque Frances para que llevase un pliego al presidente Boyer y reclamase a nombre de los reyes el territorio hostilmente ocupado. Pero a la llegada del navío a Samaná, encontró ocupada la península por 300 soldados de Boyer, y por consiguiente difícil toda la empresa, por lo que se devolvió.
Por su parte, la escuadra francesa recogió algunos colonos, pero no pudiendo hacer más, se trasladó a Sabana de la Mar donde un regimiento desembarcó para recoger a aquellos que huían, salvar algunos animales y algunos productos de las plantaciones.
Tras algunas hostilidades, los franceses se reembarcaron desplegando velas hacia Francia y entonces todo el país permaneció en poder de Boyer por 22 años.
Samaná fue el último bastión de resistencia ante la ocupación haitiana.